Россияне запустили в облаке самый доступный на рынке анализ генома человека
Расшифровка генома в облаке
Как стало известно CNews, биомедицинский холдинг «Атлас» для хранения и обработки данных в российском сегменте нового сервиса по анализу генома человека использует виртуальные машины, диски и сервисы баз данных отечественной платформы «Яндекс.облако». Это дает возможность специалистам компании не тратить время на обслуживание инфраструктуры, а пользоваться ей как сервисом.
В «Яндекс.облаке» у «Атласа» развернуты виртуальные машины на базе сервиса Compute Cloud. Контур состоит из фронтенд-серверов, серверов приложений, и баз данных PostgreSQL, MongoDB и Clickhouse, рассказали CNews в «Яндексе».
Также для задач машинного обучения используются виртуальные машины с поддержкой видеокарт Nvidia Tesla V100.
Инфраструктура в «Яндекс.облаке» описана и управляется с помощью инструмента Terraform.
Инструменты для дата-сайентистов
Кроме того, как пояснил CNews представитель «Яндекса», в рамках технологического партнерства с «Атласом» в маркетплейсе «Яндекс.облака» размещены образы виртуальных машин с набором инструментов для специалистов в области анализа данных (дата-сайентистов, Data Scientist) и биомедицинских статистиков.
Теперь они самостоятельно могут ознакомиться с примерами задач на основе общедоступных наборов обезличенных генетических данных, собранных в рамках международного исследовательского проекта 1000 Genomes Project.
Тест «Полный геном»
Новый продукт компании, опирающийся на инфраструктуру облака «Янекса», тест «Полный геном» позволяет не только исследовать отдельные точки в геноме, но и прочитать почти всю последовательность его нуклеотидов. В результате, по данным компании, получается в 890 раз больше информации, полезной для скрининга (выявления) частых заболеваний и составления рекомендаций по профилактике.
«Полный геном» определяет признаки риска по 383 наследственным и 21 многофакторному заболеванию (включая болезни Паркинсона и Альцгеймера), 43 онкологических риска. Тест также позволяет провести исследование 53 показателей индивидуальной восприимчивости к активным компонентам лекарств.
В новом тесте используются собственные технологии и разработки «Атласа» в области биоинформатики, включая генетический анализ высокой точности, контроль качества полученных данных и запатентованную систему интерпретации данных. Для определения последовательности генома применяется собственный алгоритм обработки данных NGS (next generation sequencing, секвенирование нового поколения, СНП).
Стоимость теста составляет 94,5 тыс. руб. Как утверждают в компании, это самое доступное предложение на российском рынке. Например, по словам представителя «Атласа», в компании «Геномед» аналогичный тест обойдется в 99 тыс. руб. без учета консультации генетика и «сырых» данных, а в «Генотеке» его проведут за 249 тыс. руб.
Несколько слов об «Атласе»
Биомедицинский холдинг «Атлас» занимается развитием сети частных медицинских центров и биомедицинскими разработками в области молекулярной генетики и биоинформатики.
В настоящее время команда компании поддерживает и развивает генетический тест «Атлас» и тест «Генетика микробиоты», которые помогают заботиться о здоровье и контролировать риски заболеваний.
По данным портала Techcrunch, компания Atlas Biomed Group зарегистрирована в 2016 г. в Лондоне (Великобритания) Андреем Перфильевым и Сергеем Мусиенко.
Согласно информации, опубликованной на официальном сайте «Атласа», специалист в области биоинформатики Сергей Мусиенко родился в Москве и является выпускником МФТИ, МГИМО, а также Singularity University в Кремниевой Долине – научного центра, который включает образовательные программы и бизнес-инкубатор. В настоящее время занимает должность генерального директора холдинга (CEO).
Врач-эндокринолог Андрей Перфильев закончил Российский национальный исследовательский медицинский университет (РНИМУ им. Н. И. Пирогова). Известен как один из основателей проекта социальной сети для врачей «Доктор на работе». В Atlas Biomed Group работает медицинским директором.
Что такое «Яндекс.облако»
О доступности набора инфраструктурных и платформенных сервисов, объединенных под брендом «Яндекс.облако», для всех желающих стало известно в декабре 2018 г., а публично о запуске «Облака» было объявлено в начале сентября 2018 г.
«Облако» позволяет получить доступ к масштабируемой виртуальной инфраструктуре, сервисам управления базами данных, распознавания и синтеза речи, машинного перевода и прочим услугам. Центры обработки данных «Яндекс.облака» расположены в России, что позволяет пользователям облачных услуг соблюдать закон 152-ФЗ «О персональных данных» с учетом последних поправок, которые обязывают компании, имеющие дело с персональными данными россиян, хранить эти данные на территории России. По состоянию на 2018 г. «Яндекс» владеет четырьмя ЦОДами в Москве и Подмосковье, по одному – в Рязанской области и Финляндии, а также одним дата-центром во Владимире.
По данным «Яндекса», в первые три месяца с момента анонса «Облаком» заинтересовались свыше 10 тыс. российских и международных компаний, а с апреля 2018 г. по сентябрь 2018 г. им воспользовались более 50 компаний, специально приглашенных «Яндексом» для участия в тестировании. Среди них Тинькофф банк, X5 Retail Group (магазины «Пятерочка», «Карусель», «Перекресток»), авиакомпания S7, платформа для управления бизнесом «Битрикс24».
В числе известных пользователей платформы также назывались: российское представительство американского издательства Condé Nast, выбравшее ее с целью размещения мультимедийных веб-сайтов; MerlionCloud, российский дистрибьютор облачных решений, который предложил услугу резервного копирования и восстановления данных на базе продуктов Commvault с использованием объектного хранилища «Облака»; отечественный поставщик услуг в сфере Wi-Fi-маркетинга Hot-Wi-Fi, развернувший свои базы данных на инфраструктуре «Яндекса»; онлайн-школа английского языка Skyeng, которая также перенесла свою среду разработки в облако «Яндекса».
